Per prima cosa preparare una pastella densa con acqua, farina e sale (non lavorarla molto, devono rimanere i grumi in modo che i fiori di zucca rimangano croccanti).
Lavare i fiori di zucca anche all'interno, togliere i filetti esterni e passarli nella pastella, poi nel pangrattato e friggerli in olio caldo, girandoli, occorrono circa 3-4 minuti di cottura; scolarli e disporli su carta assorbente da cucina.
Nel frattempo soffriggere in una casseruola la cipolla tritata fine, lo spicchio d'aglio e 5-6 foglie di basilico; dopo qualche istante unire la passata; cuocere per circa 25-30 minuti.
Velare con la salsa una pirofila da forno, disporre i fiori di zucca fritti, poi un altro giro di salsa, sopra mettere la mozzarella tagliata a fettine e il formaggio; continuare con un altro strato di fiori di zucca finendo con la salsa, mozzarella a fettine e abbondante Grana o Parmigiano.
Infornare a 180° per circa 20-25 minuti.